卡美拉再度现身后，一名少女发现自己是古代邪神伊莉斯的人间容器，两大怪兽将在她体内对决。
卡美拉击败雷吉翁后数年，世界各地频发神秘生物灾害。少女比良坂绫奈被诡异噩梦困扰，梦中她驱使无数魔物屠杀人类。她前往京都调查，发现自己体内沉睡着古代邪神“伊莉斯”——一种寄生型生命体，正缓缓觉醒。自卫队和神秘组织同时盯上绫奈，一方想消灭她，另一方想利用伊莉斯制造超级生物兵器。卡美拉感知到伊莉斯的威胁，从海底苏醒直奔京都。最终决战在京都古寺展开，卡美拉不愿杀死绫奈，试图用火焰烧掉伊莉斯的宿主神经，而绫奈在意识即将消失前，用最后人性请求卡美拉“连我一起烧掉”。卡美拉的长啸响彻京都夜空。
平成卡美拉三部曲的巅峰之作，彻底跳出传统怪兽片的儿童向窠臼。绫奈的悲剧宿命与卡美拉的悲壮形成了怪兽片少有的哲学深度。最后那声哀嚎，是对人类最大的慈悲。
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